ภายในโลกนินจาแห่ง Bubble Ninja นั้นจะแบ่งคลาสตัวละครออกเป็น 4 สายแบ่งตามธาตุ โดยการแยกตามหมู่บ้านจริง ซึ่งเราต้องตัดสินใจเลือกธาตุสกิลตามหมู่บ้าน ธาตุมีผลของการโจมตีและแพ้ทางกัน เช่น ธาตุไฟจะโจมตีธาตุลมรุนแรง แต่จะแพ้ทางธาตุน้ำ แต่ถ้าโดนธาตุน้ำโจมตีจะโดนรุนแรงกว่าธาตุอื่นๆ
ทั้งสี่หมู่บ้านจะได้เปรียบและเสียเปรียบซึ่งกันและกัน อีกทั้งยังส่งผลต่อการโมตีเหล่ามอนสเตอร์หรือบอสต่างๆ ในแผนที่ด้วย รวมไปถึงชุดเสื้อผ้าที่สวมใส่ สกิลแต่ละสาย แต่ละหมู่บ้านได้จากการเรียนจากตำราที่ได้จากการทำเควส และหาจากบอสต่างๆ อีกหนึ่งข้อมูลจากเกมที่น่าสนใจของเหล่าสหายนินจาทั้งหลาย ให้ได้เตรียมตัวให้พร้อมก่อนตัดสินใจ เลือกเส้นทางวิถีแห่งนินจาของตัวเอง