การเรียนจิตวิญญาณแห่งนินจา เป็นการเพิ่มขีดความสามารถของตัวละครอีกหนทางหนึ่งเช่นเดียวกับการสวมเสื้อผ้า, อาวุธที่จะเพิ่มค่าสเตตัสให้ตัวละครสูงขึ้นไปอีก
การจะได้ค่าประสบการณ์จิตวิญญาณมาเรียนรู้วิชานี้ เราจำเป็นจะต้องทำการลงดันเจี้ยนท้าประลองของจิตวิญญาณของจิไรยะที่อยู่โคโนฮะเท่านั้น ซึ่งในการเรียนจิตวิญญาณแต่ละครั้งใช้ค่าประสบการณ์มากพอสมควรดันเจี้ยนนี้จะแบ่งออกเป็น “บท”
หากยังไม่เคลียในบทที่ 1 ก็ไม่สามารถที่จะไปยังบทต่อๆ ไปได้ ที่สำคัญการลงดันเจี้ยนนี้แต่ละครั้งใช้ ปราณจักระในการลงครั้งละ 500 แต้ม แต่ละดันเจี้ยน แต่ละบทต่อๆ ไปจะได้รับค่าประสบการณ์เรียนจิตวิญญาณที่แตกต่างกันออกไปและสูงขึ้นโดยมีทั้งหมด 20 ดันเจี้ยนมอนสเตอร์ที่อยู่ภายในก็จะไล่ระดับแตกต่างกันและมี 1 ตัวที่เป็นเสมือนบอสของดันเจี้ยน
แต่! หากดันเจียนไหนที่เป็นการผ่านด่านครั้งแรก ไม่ใช่แค่ประสบการณ์เรียนจิตวิญญาณเท่านั้น ยังได้รับค่าสเตตัสเพิ่มให้ 1 แต้มด้วย ถ้าลงทั้งหมด ก็ 20 แต้มตะลุยกันให้ตายไปข้าง
ชนะในแต่ละดันเจี้ยนก็จะเป็นการเปิดดันเจี้ยนบทต่อไปเรื่อยๆ ซึ่งเราจะได้รับค่าประสบการณ์ไว้เรียนจิตวิญญาณในระดับที่มากขึ้นเรื่อยๆ ในบทต่อๆ ไปไอเทมที่ตกก็เหมือนกับมอนสเตอร์ทั่วๆ ไป